从古至今，当地对连鳌山石刻不断进行保护和修复。修复每个字长和宽都超过3米的巨大石刻，还要还原苏东坡书法神韵，不是轻易能办到的。历史上，清光绪年间的丹棱县令庄定域对“连鳌山”3字进行了疏凿和加深，并设置石栏和保护碑。1999年，三苏祠博物馆已经退休的古建专家赵汉儒不仅对连鳌山石刻作了修复，还将它“神”还原，“搬”进三苏祠。
“连鳌山”一名最初源于地形，但真正让这个名字深入人心并沿用至今的，还与苏轼兄弟有关。
据传，连鳌山栖云寺是苏轼兄弟青年时常来读书的地方。到栖云寺，必登连鳌山。连鳌山山势高低起伏，错落有致，特别是山形似六鳌并举，登上鳌头，便象征着登科及第、金榜题名，更吸引了不少有志气的青年学子前来攀登。
一个中秋月明之夜，苏轼兄弟邀请同学家定国、家安国、家勤国和刘仲达同登连鳌山，赏月赋诗。刘仲达想走捷径却走错了路，众人左等右等，他还没有来。众人只好留下留言条，向连鳌山进发。
当夜，皓月当空，山林幽幽，微风拂拂。众人边走边谈，不知不觉就爬上了山头。他们吟诗作乐，直到深夜才有人提议下山。正在这时，刘仲达气喘吁吁爬上山头。众人发现，共是六人登连鳌，而连鳌山是六鳌并举，真是天人之间的巧合。最后，在刘仲达的提议下，苏轼在山崖上写上“连鳌山”3个大字，以作纪念。
此幅墨宝劲拔遒爽，逸气纵横。当地一位著名老石匠自愿雕刻下“连鳌山”3个大字，让“连鳌山”石刻成为苏轼现存最大的墨宝遗迹。
现存的连鳌山石刻石壁大约700余平方米，上面刻有“连鳌山”3个字，其中，“连”字长3.15米、宽3.2米；“鳌”字长3.5米、宽3.2米；“山”字长3.2米、宽3米。3个字深度皆约0.1米。除“鳌”字中间部分有轻度自然剥蚀外，其余都极为清晰。
“连鳌山”始凿于宋，清代对字迹曾加深。明曹学佺《蜀中名胜记》、清《眉州州志》等都有记载。《蜀中名胜记》中明确记载，连鳌山3字雄劲飞动，大如屋宇，为东坡青少年时手书。
2007年6月，连鳌山石刻被列为四川省重点文物保护单位。2017年，东坡区在原址上建造了一座全木质结构的仿古廊榭，在石刻周围维修原有栏杆，对石刻进行保护。
北宋仁宗嘉祐元年（1056年），苏轼20岁，苏辙18岁，兄弟二人随父亲苏洵出川，双双高中进士。“连鳌山”成为兄弟二人及第的象征，名气也越来越大。如今，在东坡故里，学子们高考前，常常效仿苏轼兄弟，登连鳌山，祈愿“一举高中”。
